miRNA

miRNA의 role : gene regulation

 

Mature miRNA transcripts

- 대략 hundreds of nucleotides 길이의 primary miRNA transcripts (=pri-miRNA)에서 begin, 평균적으로 22개의 nucleotides 길이를 가짐

 

Pri-miRNA

- 적어도 한 개의 hairpin (=precursor miRNA, pre-miRNA)를 가짐. pre-miRNA는 대략 70 necleotides 길이.

 

Transcription 이후, precursor miRNA (=pre-miRNA, 헤어핀)이 primary miRNA (=pri-miRNA)로부터 쪼개짐.

 

 

 

 

miRNA 시퀀싱 데이터 분석 파이프라인

 

✔️NGS를 통해 얻은 raw miRNA 시퀀싱 데이터로 뭘 할 수 있을까?

• quantify expression of mature miRNAs
• identify novel miRNA sequences

✔️Analysis procedure

1. raw data quality check
2. adapter trimming
3. trimmed data quality check
4. reference genome indexing
5. mapping trimmed reads
6. identify known and novel miRNA sequences
7. quantifying miRNA expression

 

✔️분석 Pipeline을 위해 필요한 것들

• fastq files for each sample
• 3' adapter sequence  and additional trimming preferences
• a reference genome
• miRBase mature miRNA and precursor miRNA sequences

 

✔️miRNA-seq 분석 파이프라인 순서

출처: Torres (2022), miRNA-seq Analysis Pipeline and R Shiny App

 

✔️Tools

• reference genome indexing ⇨ Bowtie (reference genome의 Burrows-Wheeler transform index 생성)
• mapping trimmed reads ⇨ Bowtie, miRDeep2
• identify known and novel miRNA sequences
• quantifying miRNA expression